司马懿的后代并没有完全死绝，但在历史长河中经历了复杂的兴衰演变，其家族分支在不同时期有不同的命运。
1.西晋时期的司马氏皇室司马懿的孙子司马炎建立西晋后，司马氏成为皇族。但西晋经历“八王之乱”“永嘉之乱”后，皇室成员大量伤亡或南迁：-北方的司马氏皇族在战乱中被屠杀殆尽，例如晋怀帝、晋愍帝被俘后遇害。-部分皇室成员随晋室南迁，建立东晋（如晋元帝司马睿，为司马懿曾孙），东晋皇室延续至420年被刘裕取代，末帝司马德文被杀害，东晋皇室嫡系基本断绝。
2.南北朝至隋唐的司马氏分支东晋灭亡后，司马氏失去皇权，但并非完全消失：-部分旁支后裔散落民间，或在地方任职。例如南朝宋、齐时期，仍有司马氏族人担任官职（如司马休之曾反抗刘裕，后流亡北方）。-隋唐时期，司马氏作为普通士族存在，史籍中仍有记载（如唐代诗人司马札，虽具体世系不详，但可能为司马懿后裔分支）。
3.现代的司马氏后裔目前，司马姓在全国仍有分布（据统计约数万人），但由于历史久远、族谱缺失，多数人已无法确切追溯至司马懿直系。不过从家族延续的角度看，司马懿的旁支后代极可能通过历史传承延续至今。综上，司马懿的**皇室嫡系在东晋灭亡后断绝**，但**旁支后裔并未完全消失**，而是以普通家族的形式延续，至今仍有司马氏族人存在。